人ゲノム地図に潜むバイアスが明らかに：画期的な研究が指摘

学術誌『Nature Communications』に発表された最新の研究により、現代の生物医学の基盤となっているヒトゲノム地図に、重大な生物学的「死角」が存在することが判明しました。この問題の根源は、歴史的な経緯から、ヨーロッパ系の人々の遺伝子データが過度に偏って含まれている点にあり、その結果、世界人口の相当数のDNA情報が不完全にしか読み取られていない状況が浮き彫りになりました。

バルセロナ・スーパーコンピューティング・センター（BSC）とゲノム調節センター（CRG）の専門家らが主導した研究チームは、現在利用されている遺伝子カタログにおけるこの偏りが、アフリカ、アジア、アメリカ大陸の集団特有の数千ものRNA転写産物を無視する原因となっていることを実証しました。筆頭著者であるパウ・クラベル＝レベリエス氏は、採用されている遺伝子地図が遺伝子変異の解釈を歪めていると指摘しています。CRGの上級共著者であるロデリック・ギゴ氏は、参照配列の圧倒的多数がヨーロッパ人に由来しているため、非ヨーロッパ系集団に固有の遺伝子や転写産物が見過ごされている現状を裏付けました。

このデータ構造上の見落としは、個々の疾患リスクに関する極めて重要な情報を覆い隠しています。研究では、すでに知られている事例を例に挙げています。例えば、アフリカ系の子どもたちにおける気管支拡張薬の治療効果の違いや、アジア系患者における標準的な抗凝固薬への有害反応などは、これらのデータ上の空白によって説明がつく可能性があるのです。この隠された生物学的側面を明らかにするため、研究チームはロングリードRNAシーケンシング技術を駆使し、8つの異なる集団に属する43名のドナーの血液サンプルを分析しました。

解析の結果、公式データベースには存在しない41,000の潜在的な転写産物が確認されました。そのうち2,267は単一の集団（主にアフリカ系、アジア系、またはアメリカ先住民系）に固有のものであり、これまで科学界に知られていませんでした。さらに、773の転写産物はこれまで未同定であった遺伝子領域に由来すると見られ、その中から最大476の新遺伝子が特定されました。BSCの上級共著者であるマルタ・メレ氏は、これらの民族特異的な新規転写産物の多くが、自己免疫疾患、喘息、および代謝特性に関連する遺伝子に見られると述べています。

分析により、DNA修復に不可欠な遺伝子SUB1の特定バリアントがペルー系の人々に存在するにもかかわらず、現在の参照地図では完全に無視されていることが確認されました。この状況を打開するため、著者らは、全集団で使用されるRNA分子の包括的なカタログであるヒト・パン・トランスクリプトームの作成に向けた世界的な協力体制の構築を呼びかけています。BSCに設置されているスーパーコンピューターMareNostrum 5は、生成された10テラバイトを超えるデータ処理において中心的な役割を果たしました。

ギゴ教授は、今回の発見は「氷山の一角」に過ぎないと締めくくっています。なぜなら、本研究は成人個体の血液細胞の分析に限定されていたからです。この事実は、個別化医療の進展を遅らせる要因となっており、医療アプローチの精度を確保するためには、ゲノムデータの網羅性を高めることが喫緊の課題であることを強調しています。