Une Recherche Révolutionnaire Met en Lumière des Biaiss Cruciaux dans les Cartes du Génome Humain

Une étude récente, dont les conclusions ont été dévoilées dans la prestigieuse revue Nature Communications, a mis en évidence des lacunes biologiques fondamentales, de véritables « zones d'ombre », au sein des cartes génomiques humaines de référence. Ces schémas, qui servent de socle à une grande partie de la biomédecine actuelle, souffrent d'une représentation génétique historiquement déséquilibrée. Cette disproportionnalité, marquée par une surreprésentation écrasante des données issues d'individus d'ascendance européenne, empêche une lecture complète et précise de l'ADN pour une part significative de la population mondiale.

L'équipe de recherche, menée conjointement par des experts du Centre de Supercalcul en Calcul (BSC) et du Centre de Régulation Génomique (CRG) à Barcelone, a démontré que cette partialité inhérente aux catalogues utilisés conduit à l'ignorance de milliers de transcrits d'ARN spécifiques. Ces transcrits sont pourtant caractéristiques des populations originaires d'Afrique, d'Asie et des Amériques. Pau Clavell-Revelles, premier auteur de l'étude, a souligné que la carte génique actuelle fausse l'interprétation des variations génétiques. Rodéric Guigó, co-auteur principal au CRG, a corroboré ce constat, affirmant que la majorité écrasante des séquences de référence provient d'Européens, laissant ainsi dans l'ombre des gènes ou des ARN uniques aux groupes non européens.

Cette omission structurelle dans les données fondamentales masque des informations vitales concernant les risques individuels de maladies. L'étude cite des exemples déjà documentés, tels que les différences notables dans l'efficacité des bronchodilatateurs chez les enfants africains ou les réactions indésirables de certains patients asiatiques aux anticoagulants standards. Ces disparités cliniques pourraient s'expliquer par ces vides dans la connaissance génomique. Pour débusquer cette biologie cachée, l'équipe a eu recours au séquençage de l'ARN à lecture longue, analysant des échantillons sanguins prélevés auprès de 43 donneurs issus de huit populations distinctes.

L'analyse approfondie a permis aux scientifiques de découvrir 41 000 transcrits potentiels qui étaient absents des bases de données officielles. Parmi ceux-ci, 2 267 se sont révélés exclusifs à une seule population, majoritairement africaine, asiatique ou américaine, et étaient jusqu'alors inconnus de la communauté scientifique. Plus impressionnant encore, 773 transcrits semblent provenir de régions géniques non identifiées auparavant, permettant l'identification de près de 476 nouveaux gènes. Marta Melé, co-auteure principale au BSC, a précisé que nombre de ces nouveaux transcrits, dépendants de l'origine ethnique, sont retrouvés dans des gènes déjà associés aux troubles auto-immuns, à l'asthme et à diverses caractéristiques métaboliques.

L'examen a notamment confirmé qu'une variante spécifique du gène SUB1, essentielle à la réparation de l'ADN, est présente chez les individus d'ascendance péruvienne, mais est totalement ignorée par les cartes de référence actuelles. Face à ce constat, les auteurs appellent à une mobilisation mondiale concertée pour élaborer un pan-transcriptome humain exhaustif, un catalogue complet de toutes les molécules d'ARN utilisées à travers l'ensemble des populations. Le supercalculateur MareNostrum 5, hébergé au BSC, a joué un rôle déterminant dans le traitement des plus de dix téraoctets de données générées par cette recherche.

Le Professeur Guigó a conclu que cette découverte n'est sans doute que la partie émergée de l'iceberg, étant donné que l'étude s'est limitée à l'analyse des cellules sanguines chez des adultes. Selon lui, cette limitation freine le rythme attendu des avancées en médecine personnalisée, soulignant l'impératif d'élargir la diversité des données génomiques pour garantir l'exactitude des approches médicales futures.