İnsan Genom Verilerindeki Orantısızlık Avrupa'ya Odaklanıyor: Biyolojik Kör Noktalar Oluşuyor

Nature Communications dergisinde yayımlanan son bir araştırma, modern biyotıpta temel alınan insan genom haritalarında kritik biyolojik “kör noktalar” bulunduğunu ortaya çıkardı. Bu durumun temel nedeni, tarihsel olarak Avrupa kökenli bireylerden elde edilen genetik verilerin orantısız derecede yüksek temsil edilmesinden kaynaklanıyor. Bu dengesizlik, dünya nüfusunun önemli bir kısmı için DNA okumalarının eksik kalmasına yol açıyor.

Barselona Süperbilgisayar Merkezi (BSC) ve Genomik Düzenleme Merkezi (CRG) uzmanlarının liderlik ettiği araştırma ekibi, kullanılan kataloglardaki bu önyargının, Afrika, Asya ve Amerika popülasyonlarına özgü binlerce spesifik RNA transkriptinin göz ardı edilmesine neden olduğunu gösterdi. Çalışmanın ilk yazarı Pau Clavell-Revelles, mevcut gen haritasının genetik varyasyonların yorumlanmasını çarpıttığını belirtti. CRG'den baş yazar Roderic Guigó ise, referans dizilerinin ezici çoğunluğunun Avrupalılardan alındığını teyit ederek, Avrupalı olmayan gruplara özgü genlerin veya transkriptlerin bu resmin dışında kaldığını vurguladı.

Bu yapısal veri eksikliği, bireysel hastalık risklerine dair hayati bilgileri gizlemektedir. Araştırma, bu boşluklarla açıklanabilecek, daha önce bilinen vakalara dikkat çekiyor: Afrika kökenli çocuklarda bronkodilatörlerin farklı terapötik etkileri veya Asyalı hastalarda standart antikoagülanlara karşı gelişen istenmeyen reaksiyonlar. Bu gizli biyolojiyi açığa çıkarmak amacıyla ekip, sekiz farklı popülasyondan 43 donörün kan örneklerini analiz etmek için uzun okumalı RNA dizileme yöntemini kullandı.

Analiz sonucunda, resmi veri tabanlarında bulunmayan 41.000 potansiyel transkript tespit edildi. Bunlardan 2.267 tanesinin tek bir popülasyona (çoğunlukla Afrika, Asya veya Amerika) özgü olduğu ve daha önce bilim dünyası tarafından bilinmediği anlaşıldı. Dahası, 773 transkriptin daha önce tanımlanmamış gen bölgelerinden kaynaklandığı ve bu kapsamda 476 yeni genin belirlendiği saptandı. BSC'den baş yazar Marta Mele, bu etnik kökene bağlı yeni transkriptlerin çoğunun otoimmün bozukluklar, astım ve metabolik özelliklerle ilişkili genlerde bulunduğuna işaret etti.

Yapılan incelemeler, DNA onarımı için kritik öneme sahip olan SUB1 geninin spesifik bir varyantının Perulu bireylerde mevcut olmasına rağmen, mevcut referans haritalarında tamamen göz ardı edildiğini doğruladı. Yazarlar, bu sorunun üstesinden gelmek amacıyla, tüm popülasyonlardaki tüm RNA moleküllerini kapsayan kapsamlı bir katalog olan insan pan-transkriptomunu oluşturmak için küresel çabaların birleştirilmesi çağrısında bulunuyor. Üretilen on terabaytı aşan verinin işlenmesinde, BSC bünyesinde bulunan MareNostrum 5 süperbilgisayarı kilit rol oynadı.

Profesör Guigó, bu bulgunun buzdağının yalnızca görünen kısmı olduğunu belirterek, araştırmanın yalnızca yetişkin bireylerin kan hücrelerinin analiziyle sınırlı kaldığını sözlerine ekledi. Bu durumun, kişiselleştirilmiş tıp alanındaki ilerleme hızını yavaşlattığını düşünen Guigó, tıbbi yaklaşımların doğruluğunu sağlamak adına genomik verilerin genişletilmesinin önemini altını çizdi.