科学者たちは、さまざまな研究における細胞型分類と比較を洗練するために設計されたオープンソースの計算ツールであるCellWalker2を発表しました。2025年5月22日にCell Genomicsに掲載されたこのツールは、細胞型間の階層的関係を利用して、より正確なアノテーションを提供します。
CellWalker2は、シングルセルATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）とRNAシーケンスデータを統合し、その機能をマルチオミクスプロファイルに拡張します。この統合により、調節DNAエレメントと活性遺伝子の接続が容易になり、細胞機能に関するより深い洞察が得られます。このツールは、特定の細胞型で活性な調節DNA領域をマッピングし、遺伝子発現の変化を調整する転写因子を特定します。
CellWalker2は、細胞型とそれらを制御する遺伝子との関係を解明することにより、科学者が異なる実験間、さらには異なる研究室や種間で実施された実験間でも細胞型を一致させることができます。CellWalker2は、他の研究者がオンラインで自由にアクセスでき、生物医学コミュニティ内での幅広い採用とコラボレーションを促進します。