歐洲聯盟（EU）已於2025年10月12日正式啟動其電子出入境系統（Entry-Exit System, EES），此舉標誌著申根區邊境管理進入自動化與生物識別的新階段。此項重大變革旨在透過數位化手段，精確追蹤所有非歐盟公民的往來足跡，以期提升整體邊境安全與效率。 EES系統的運作核心在於取代傳統護照蓋章的程序，改以生物特徵數據，包含指紋與臉部影像，進行登記與比對。
對於首次進入申根區的非歐盟旅客，在機場、港口或陸路邊境檢查站，將被要求提供護照資訊、臉部圖像及指紋，以建立個人數位檔案。此後若在三年內再次入境，系統將自動比對現有紀錄，僅需進行臉部生物識別驗證即可，展現了流程的簡化與連貫性。此系統的設計初衷，正如歐盟所期許，是為了更有效地遏止非法逾期停留的行為，並強化對身份欺詐的防範。 EES系統的實施範圍涵蓋了申根區的邊界，包括瑞士、冰島和挪威等非歐盟申根成員國，但排除南賽普勒斯和愛爾蘭。
值得注意的是，此項變革採取分階段實施策略，歐盟執委會規劃了為期六個月的緩衝期，預計至2026年4月9日（即啟動後180天）方能達成百分之百的全面註冊。初期要求各邊境口岸逐步適應新流程：啟動後30天內需完成10%旅客的註冊，90天內達35%，150天內達50%。實施初期，通關時間可能受到影響，建議所有旅客預留充裕的等候時間。在過渡期間，護照蓋章程序將會持續，以確保未全面實施EES的邊境口岸仍能追蹤旅客停留天數。
此系統的適用對象，包括來自美國、加拿大、澳洲和英國等免簽證國家的人士，儘管其停留規定不變——即每180天內最多停留90天——但他們現在也納入了EES的數位監測範疇。此外，EES的建立與歐洲旅行資訊與授權系統（ETIAS）相輔相成，ETIAS負責行前安全審查，而EES則負責即時的進出境記錄，共同構建歐盟數位邊境框架。有報導指出，在系統初期，部分國家可能暫停開放e-Gate服務給享有自動通關待遇的旅客，首次入境仍需走人工或專用櫃檯完成生物識別登錄，以確保資料的首次完整錄入。