Indonesia đang đẩy mạnh các nỗ lực nhằm bảo vệ các thảm cỏ biển rộng lớn của mình, nhận thức rõ vai trò thiết yếu của các hệ sinh thái dưới nước này trong công cuộc giảm thiểu tác động của biến đổi khí hậu. Indonesia sở hữu khoảng 11,5% diện tích thảm cỏ biển toàn cầu. Các thảm cỏ biển này có khả năng hấp thụ carbon dioxide vượt trội, hiệu quả hơn tới 35 lần so với rừng nhiệt đới trên cùng một đơn vị diện tích. Năm 2023, chính phủ Indonesia đã công nhận 17 khu vực thảm cỏ biển là các khu vực chiến lược quốc gia. Sáng kiến này nhằm ưu tiên các khu vực này cho chủ quyền, bảo vệ môi trường và công nhận di sản thế giới, trải dài trên nhiều hòn đảo khắp quần đảo. Giá trị kinh tế của các khu dự trữ carbon xanh này là rất lớn, với tiềm năng định giá carbon từ 8 đến 33 USD mỗi tấn CO2e, hoặc lên tới 800.000 USD mỗi km vuông mỗi năm đối với các môi trường sống bị suy thoái. Các quy định đang được xây dựng để tích hợp carbon xanh vào thị trường carbon, song song với các chiến lược nhằm nâng cao sức khỏe của thảm cỏ biển. Mặc dù đã có những tiến bộ đáng kể, các thách thức vẫn còn tồn tại, bao gồm cả các khuôn khổ pháp lý có thể cho phép thay thế các hệ sinh thái quan trọng này. Các chuyên gia nhấn mạnh sự cần thiết của các biện pháp bảo vệ pháp lý vững chắc và quản trị minh bạch để ngăn chặn tư nhân hóa và bảo vệ sinh kế của người dân địa phương. Cũng có những lo ngại rằng khái niệm "carbon xanh" có thể bị lạm dụng để thương mại hóa các khu vực ven biển và biển, gây ra mối quan tâm cho các nhà hoạt động và cộng đồng ven biển.
Các hợp tác đang diễn ra với các bên liên quan đang củng cố công tác quản trị các hệ sinh thái carbon xanh, bao gồm việc xác định chúng là nguồn vốn tự nhiên quan trọng và đẩy nhanh việc phát triển các kế hoạch quản lý và thực thi. Các nghiên cứu quốc tế chỉ ra rằng, các hệ sinh thái ven biển có tốc độ hấp thụ CO2 nhanh hơn gấp nhiều lần so với rừng nhiệt đới, với khả năng lưu trữ lớn hơn và lâu hơn. Theo Ngân hàng Thế giới, việc cô lập và lưu trữ carbon xanh ven biển được định giá lên tới 190 tỷ đô la mỗi năm. [N/A] Indonesia, với đường bờ biển dài hơn 3.200 km và vùng đặc quyền kinh tế rộng lớn, sở hữu tiềm năng carbon xanh dương vô cùng lớn. [N/A] Các thảm cỏ biển không chỉ là bể chứa carbon khổng lồ mà còn là 'lá chắn xanh' bảo vệ bờ biển, giảm thiểu tác động của sóng lớn, triều cường và xói lở do biến đổi khí hậu. [N/A] Giá trị carbon xanh dương cao hơn so với hầu hết các loại carbon khác do sự cộng hưởng những lợi ích to lớn đi kèm, đặc biệt trong bảo vệ đa dạng sinh học biển, giúp tái tạo nguồn lợi thủy sản và giữ vững sinh kế cho cộng đồng dân cư ven biển. [N/A]
Hàng năm, khoảng 7% thảm cỏ biển trên thế giới bị mất đi, tương đương với diện tích một sân bóng đá cứ sau 30 phút. Indonesia đã có những bước đi cụ thể, như công bố kế hoạch bảo vệ các vùng biển đến năm 2045, với mục tiêu mở rộng diện tích biển được bảo vệ lên 325.000 km2 vào cuối thập kỷ này, tương đương 10% tổng lãnh hải. Từ năm 2030 – 2045, Chính phủ Indonesia có kế hoạch tăng gấp 3 lần diện tích khu bảo tồn biển lên 975.000 km2. Các khu vực bảo tồn này không chỉ đóng vai trò là nơi sinh sản của cá mà còn có thể hấp thụ khí thải carbon. Sự hợp tác quốc tế, như giữa Indonesia và Đức trong chương trình 'Giải pháp quản lý cảnh quan biển và đất liền ở Indonesia' (Solusi), cũng đang góp phần ngăn ngừa tình trạng thoái hóa đất và suy giảm tài nguyên biển. Các nỗ lực này nhằm tăng cường sức khỏe của các hệ sinh thái ven biển, bao gồm giám sát và phục hồi các hệ sinh thái quan trọng như rừng ngập mặn, thảm cỏ biển và rạn san hô. Những nỗ lực này là một phần trong chiến lược khí hậu rộng lớn hơn của quốc gia, nhằm đạt được mục tiêu trung hòa carbon vào năm 2050.