Міністерство навколишнього середовища Чилі офіційно змінило природоохоронний статус емблематичного пінгвіна Гумбольдта, підвищивши його з «вразливого» до категорії «під загрозою зникнення». Це рішення відображає критичну ситуацію, що склалася у морському середовищі, і вимагає перегляду підходів до збереження природного балансу на узбережжі.
Дані за останні п'ять десятиліть свідчать про стійке скорочення чисельності виду, що зачіпає популяції як у Чилі, так і в Перу. Історично, до середини 1800-х років, коли розпочався інтенсивний видобуток гуано, популяція налічувала сотні тисяч особин. Наразі світова популяція оцінюється приблизно у 12 000 пар, з яких близько 8 000 пар мешкають на території Чилі. Дослідження доктора Алехандро Сімеоне вказують, що поточна репродуктивна популяція в Чилі становить лише близько 2500 пар, і без рішучих заходів вид може зникнути протягом наступних п'ятдесяти років.
Ключові загрози для стійкості виду включають випадкове потрапляння птахів у рибальські сіті внаслідок промислової діяльності, а також надмірний вилов основних об'єктів харчування, таких як сардини та анчоуси. Дефіцит їжі змушує птахів шукати менш поживну їжу для пташенят, що знижує успішність розмноження. Крім того, кліматичні явища, зокрема Ель-Ніньйо, спричиняють збої в морських харчових ланцюгах; наприклад, подія 1982–83 років призвела до скорочення популяції на 65%. Нещодавні події, як-от спалах пташиного грипу у 2023 році, також спричинили значні втрати серед птахів.
У відповідь на кризу, 26 липня 2024 року Міністр навколишнього середовища Чилі представив Національний план зі збереження пінгвіна Гумбольдта (План RECOGE). Ця двадцятирічна стратегія, розроблена спільно з CONAF, Міністерством навколишнього середовища, Sernapesca та Subpesca, має на меті зменшити загрози та посилити захист виду, використовуючи методологію «Відкритих стандартів для природоохоронної практики». Основні колонії виду, що утримують 89% світових гніздових колоній, зосереджені на островах Чорос, Тільго, Пахарос та Качагуа у Національному заповіднику пінгвінів Гумбольдта.