Wissenschaftler haben CellWalker2 vorgestellt, ein Open-Source-Computerwerkzeug zur Verfeinerung der Zelltypklassifizierung und des Vergleichs über verschiedene Studien hinweg. Das Tool wurde am 22. Mai 2025 in Cell Genomics veröffentlicht und nutzt hierarchische Beziehungen zwischen Zelltypen, um präzisere Annotationen zu liefern.
CellWalker2 integriert Einzelzell-ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) mit RNA-Sequenzierungsdaten und erweitert so seine Fähigkeiten auf Multi-Omics-Profile. Diese Integration erleichtert die Verbindung von regulatorischen DNA-Elementen mit aktiven Genen und bietet tiefere Einblicke in zelluläre Funktionen. Das Tool kartiert regulatorische DNA-Regionen, die in bestimmten Zelltypen aktiv sind, und identifiziert Transkriptionsfaktoren, die Genexpressionsänderungen orchestrieren.
Durch die Aufklärung der Beziehungen zwischen Zelltypen und den Genen, die sie steuern, ermöglicht CellWalker2 Wissenschaftlern, Zelltypen über verschiedene Experimente hinweg zuzuordnen, selbst solche, die in verschiedenen Labors oder über Spezies hinweg durchgeführt werden. CellWalker2 ist für andere Forscher online frei zugänglich und fördert so eine breite Akzeptanz und Zusammenarbeit innerhalb der biomedizinischen Gemeinschaft.