胚胎性別決定是一個複雜的過程，涉及指導性別分化的遺傳和分子事件。在包括人類在內的哺乳動物中，性別主要由性染色體決定：雌性繼承兩條X染色體（XX），而雄性繼承一條X染色體和一條Y染色體（XY）。精子的染色體（X或Y）決定胚胎的染色體性別。
位於Y染色體上的SRY（性別決定區Y）基因在男性性別決定中起著至關重要的作用。它就像一個主開關，在胚胎發育早期啟動一系列分子信號。該基因刺激形成分化成睪丸的前體細胞。如果沒有SRY基因，胚胎將默認為女性發育，形成卵巢。
在妊娠早期，胚胎同時具有卵巢和睪丸的前體細胞。SRY基因的激活會觸發基因表達和組織結構的變化，從而導致雄性胚胎中睪丸的形成。其他遺傳和表觀遺傳因素也對此過程做出貢獻，確保性腺和次級生殖器官的正常發育。
雖然哺乳動物依賴SRY基因進行性別決定，但其他生物表現出不同的機制。一些爬行動物使用環境溫度，而鳥類和昆蟲則採用不同的遺傳系統，如ZW系統。
了解胚胎性別決定對於診斷和治療性發育障礙、推進生殖生物學以及進行遺傳學和表觀遺傳學研究具有重要意義。研究SRY基因和相關機制可以深入了解遺傳學、環境和發育之間的相互作用。