印尼正積極加強對其廣闊海草床的保護措施，深刻認識到這些水下生態系統在減緩氣候變遷方面的關鍵作用。海草床作為高效的碳匯，其二氧化碳封存能力遠超熱帶雨林，每單位面積的碳封存量可高出35倍。為此，印尼政府於2023年將17處海草棲地指定為國家戰略區域，旨在優先保護這些區域的主權、環境，並彰顯其全球遺產價值。這些戰略區域遍布印尼群島的眾多島嶼，顯示了國家層級對此議題的重視。
這些被稱為「藍碳」的海洋碳儲備，蘊藏著巨大的經濟潛力，每平方公里潛在碳價值可達80萬美元每年，針對退化棲地，或每噸二氧化碳當量8至33美元。印尼正積極制定法規，將藍碳納入碳市場交易，並同步推動多項策略以提升海草生態系的健康。這項舉措不僅關乎環境永續，也為國家經濟發展開闢了新途徑。印尼新創公司CarbonEthics預計在2026年將藍碳推向國際交易平台，顯示了該國在藍碳經濟發展上的雄心。同時，印尼政府也積極推動與日本等國家的藍碳合作，透過聯合信貸機制（JCM）等方式，加強排放控制並促進綠色投資，目標是透過藍碳治理，為國家乃至全球的氣候目標做出貢獻。
儘管已有顯著進展，保護海草生態系統仍面臨挑戰。現行法律框架中可能存在的漏洞，允許這些重要生態系統被取代，是專家們擔憂的焦點。為此，專家們呼籲建立更為嚴謹的法律保障和透明化的治理機制，以防止海草棲地的私有化，並確保當地社區的生計得以持續。
印尼政府正與各方利害關係人緊密合作，強化藍碳生態系統的治理。透過將其定義為關鍵的自然資本，並加速管理與執法計畫的制定，印尼展現了其保護海洋生態、應對氣候變遷的決心。此外，印尼作為全球藍碳資源最豐富的國家之一，其藍碳蘊含量估計佔全球的11.5%，這也使其在國際碳權市場中扮演著日益重要的角色。印尼政府也正籌備將17個地點指定為特定國家戰略區域，用於藍碳儲備，這反映了印尼對管理藍碳生態系統、保護環境和改善沿海社區福祉的承諾。中爪哇省和東爪哇省北部沿海地區等將被優先列為生態系統修復的重點。
全球每年約有7%的海草床消失，相當於每30分鐘就失去一個足球場大小的面積。
這些努力是印尼更廣泛氣候戰略的一部分，旨在到2050年實現碳中和。