Ученые представили CellWalker2, вычислительный инструмент с открытым исходным кодом, предназначенный для уточнения классификации и сравнения типов клеток в различных исследованиях. Опубликованный в Cell Genomics 22 мая 2025 года, этот инструмент использует иерархические отношения между типами клеток для предоставления более точных аннотаций.
CellWalker2 интегрирует данные секвенирования РНК с ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) отдельных клеток, расширяя свои возможности до мультиомиксных профилей. Эта интеграция облегчает связь регуляторных элементов ДНК с активными генами, предлагая более глубокое понимание клеточных функций. Инструмент отображает регуляторные области ДНК, активные в определенных типах клеток, и идентифицирует факторы транскрипции, которые управляют изменениями экспрессии генов.
Выясняя взаимосвязи между типами клеток и генами, которые ими управляют, CellWalker2 позволяет ученым сопоставлять типы клеток в разных экспериментах, даже тех, которые проводятся в разных лабораториях или между видами. CellWalker2 находится в свободном доступе в Интернете для других исследователей, что способствует широкому распространению и сотрудничеству в рамках биомедицинского сообщества.