Naukowcy wprowadzili CellWalker2, narzędzie obliczeniowe o otwartym kodzie źródłowym, zaprojektowane w celu udoskonalenia klasyfikacji typów komórek i porównywania ich w różnych badaniach. Opublikowane w Cell Genomics 22 maja 2025 roku, narzędzie to wykorzystuje hierarchiczne relacje między typami komórek, aby dostarczać bardziej precyzyjne adnotacje.
CellWalker2 integruje dane z jedno-komórkowego ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) z danymi sekwencjonowania RNA, rozszerzając swoje możliwości do profili multi-omic. Ta integracja ułatwia łączenie regulatorowych elementów DNA z aktywnymi genami, oferując głębszy wgląd w funkcje komórkowe. Narzędzie mapuje regiony regulatorowego DNA aktywne w określonych typach komórek i identyfikuje czynniki transkrypcyjne, które orkiestrują zmiany ekspresji genów.
Poprzez wyjaśnianie relacji między typami komórek a genami, które nimi rządzą, CellWalker2 umożliwia naukowcom dopasowywanie typów komórek w różnych eksperymentach, nawet tych przeprowadzanych w różnych laboratoriach lub między gatunkami. CellWalker2 jest bezpłatnie dostępny online dla innych badaczy, promując szerokie przyjęcie i współpracę w społeczności biomedycznej.