Wetenschappers hebben CellWalker2 geïntroduceerd, een open-source computertool ontworpen om de classificatie van celtypen en de vergelijking tussen verschillende studies te verfijnen. Gepubliceerd in Cell Genomics op 22 mei 2025, maakt deze tool gebruik van hiërarchische relaties tussen celtypen om nauwkeurigere annotaties te leveren.
CellWalker2 integreert single-cell ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) met RNA-sequencingdata, waardoor de mogelijkheden worden uitgebreid naar multi-omics profielen. Deze integratie vergemakkelijkt de verbinding van regulerende DNA-elementen met actieve genen, wat diepere inzichten biedt in cellulaire functies. De tool brengt regulerende DNA-regio's in kaart die actief zijn in specifieke celtypen en identificeert transcriptiefactoren die genexpressieveranderingen orkestreren.
Door de relaties tussen celtypen en de genen die ze aansturen te verduidelijken, stelt CellWalker2 wetenschappers in staat om celtypen te matchen tussen verschillende experimenten, zelfs die uitgevoerd in verschillende laboratoria of tussen soorten. CellWalker2 is gratis online toegankelijk voor andere onderzoekers, wat brede adoptie en samenwerking binnen de biomedische gemeenschap bevordert.