Des scientifiques ont présenté CellWalker2, un outil informatique open source conçu pour affiner la classification et la comparaison des types cellulaires dans diverses études. Publié dans Cell Genomics le 22 mai 2025, cet outil exploite les relations hiérarchiques entre les types cellulaires pour fournir des annotations plus précises.
CellWalker2 intègre les données de séquençage d'ARN avec le séquençage ATAC (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) de cellules uniques, élargissant ainsi ses capacités aux profils multi-omiques. Cette intégration facilite la connexion des éléments d'ADN régulateurs aux gènes actifs, offrant des informations plus approfondies sur les fonctions cellulaires. L'outil cartographie les régions d'ADN régulatrices actives dans des types cellulaires spécifiques et identifie les facteurs de transcription qui orchestrent les changements d'expression génique.
En élucidant les relations entre les types cellulaires et les gènes qui les régissent, CellWalker2 permet aux scientifiques de faire correspondre les types cellulaires entre différentes expériences, même celles menées dans différents laboratoires ou entre espèces. CellWalker2 est librement accessible en ligne aux autres chercheurs, ce qui favorise une large adoption et une collaboration au sein de la communauté biomédicale.