Une récente étude de The Francis Crick Institute, du Centre de recherche sur les virus de l'Université de Glasgow et de l'University College London a révélé comment le SARS-CoV-2 s'adapte pour échapper aux réponses immunitaires. L'étude se concentre sur l'émergence des ARN sous-génomiques, qui améliorent la fitness du virus.
Les ARN sous-génomiques sont de petites sections de matériel génétique qui permettent aux virus de produire des protéines cruciales pour leur réplication. Cette étude a identifié des séquences régulatrices de transcription (TRS) qui guident la synthèse de ces ARN.
De nouveaux TRS ont émergé dans le SARS-CoV-2, en particulier dans des variantes comme Alpha et Omicron, menant à des ARN sous-génomiques nouveaux. Ces ARN perturbent la production d'interféron de type I, un élément clé de la défense antivirale du corps.
Les principales découvertes incluent :
Émergence de nouveaux TRS : Découverts dans plus de 60 % des échantillons de SARS-CoV-2 à l'échelle mondiale, en particulier dans les variantes Alpha et Omicron.
Fonction de l'ARN nouveau : Génère une protéine appelée N.iORF3, qui affaiblit la réponse immunitaire.
Prévalence dans les infections humaines : Confirmée dans des échantillons cliniques de patients infectés par les variantes Alpha et Omicron.
Rôle distinct dans la fitness virale : Les virus avec ces TRS se répliquent plus efficacement dans les cellules humaines.
Évolution convergente : Des TRS similaires ont émergé indépendamment dans différentes lignées de SARS-CoV-2.
L'étude a utilisé un séquençage génétique avancé et des expériences en laboratoire pour analyser l'émergence des TRS. Les chercheurs ont manipulé le génome viral pour observer l'impact sur le comportement viral.
N.iORF3, une protéine tronquée, perturbe le signalement immunitaire en ciblant RIG-I, un capteur de l'ARN viral. L'étude a également identifié une évolution convergente, indiquant que des motifs TRS similaires peuvent être une stratégie évolutive commune parmi les coronavirus.
Les résultats ont d'importantes implications pour la santé publique, affectant la propagation du virus et la réponse immunitaire. Une surveillance continue de l'évolution du SARS-CoV-2 est essentielle pour les stratégies de santé publique et le développement de vaccins.
Les recherches futures exploreront les mécanismes moléculaires de N.iORF3 et l'impact plus large des mutations TRS sur le génome viral.
L'étude a été publiée dans PLOS Biology.