Im Juni 2025 verschlechterten sich die diplomatischen Beziehungen zwischen Russland und Aserbaidschan deutlich, nachdem es in Jekaterinburg zu umstrittenen Festnahmen gekommen war. Russische Spezialeinheiten nahmen etwa 50 Personen aserbaidschanischer Herkunft fest, die im Verdacht standen, an Morden und Anschlägen in den Jahren 2001-2011 beteiligt gewesen zu sein. Zwei Männer starben während der Festnahmen, was in Baku Empörung auslöste.
Als Reaktion darauf sagte Aserbaidschan alle geplanten kulturellen Veranstaltungen mit Russland ab und führte eine Überprüfung des Büros der russischen Medienagentur Sputnik in Baku durch. Der Kreml reagierte zurückhaltend. Präsidentensprecher Dmitri Peskow bedauerte die Entscheidung Bakus und betonte, dass die Situation in Jekaterinburg nicht zu einer solchen Reaktion hätte führen dürfen. Das russische Außenministerium stellte fest, dass die Opfer und Festgenommenen zwar ethnische Aserbaidschaner waren, aber russische Pässe besaßen.
Diese diplomatische Krise ist ein weiterer Test für die Beziehungen zwischen den beiden Ländern seit dem Flugzeugabsturz in Aserbaidschan Ende 2024. Aserbaidschan bemüht sich zudem, seine internationale Position zu stärken, unter anderem durch einen Antrag auf BRICS-Mitgliedschaft. Baku versucht, die Zusammenarbeit mit dem Westen und die Aufrechterhaltung strategischer Beziehungen zu Moskau auszubalancieren, ein Unterfangen, das im aktuellen geopolitischen Kontext besondere Herausforderungen birgt.