菲律賓外交部於2025年9月11日正式提出外交抗議，針對中國國務院宣布在南海黃岩島（菲律賓稱Bajo de Masinloc）設立「黃岩島國家級自然保護區」。菲律賓方面認為，此舉嚴重侵犯了菲律賓依據國際法所享有的權利與利益，並要求中國立即撤銷此項決定。
中國國務院於9月10日批准了這項自然保護區的設立計畫，旨在保護黃岩島的生態系統多樣性、穩定性與持續性。根據中國國家林業和草原局公布的資訊，該保護區位於海南省三沙市，總面積達3523.67公頃，主要保護對象為珊瑚礁生態系統。中國外交部發言人林劍則回應，黃岩島是中國固有領土，保護區的設立是中國主權範圍內的事，符合中國國內法與國際法，並體現了中國作為負責任大國保護生態環境的使命。他同時強調，菲律賓的領土範圍早已由國際條約確定，黃岩島從未包含其中，中方不接受菲律賓的無理指責與抗議。
此次事件並非孤例，近年來，中國與菲律賓在黃岩島海域的緊張局勢持續升溫。例如，在2025年8月，中國海警船曾驅離菲律賓船隻；而在2024年6月，一艘中國軍事直升機在黃岩島上空與菲律賓漁業飛機發生了近距離接觸。這些事件顯示出該區域主權爭議的複雜性與敏感性。
國際社會對此事件亦表達了關切。美國重申了對菲律賓的防禦承諾，強調了該區域的戰略重要性，並呼籲和平解決爭端，同時對任何可能加劇緊張局勢的行動表示擔憂。國際法庭曾裁定，中國在南海的領土主張缺乏法律依據，這為菲律賓的抗議提供了另一層次的國際法支持。
黃岩島地理位置特殊，距離菲律賓尚武省海岸約124浬，不僅是重要的漁場，也是戰略要地。此次中國設立自然保護區的舉動，在國際法理層面被視為一種加強對該島礁及其海域「有效管轄」的證據，有助於鞏固主權主張，並透過常態化執法與科學管理來維護區域生態環境。專家指出，此舉措體現了「依法」、「低敏」、「專業化」的特點，可能為區域生態合作與治理提供新的範例，並有助於爭取國際社會的認同。未來，管理上將透過技術手段加強監測，並推動可持續漁業發展，以期在維護主權的同時，兼顧區域的生態保護與漁民的利益。