近期考古發現與基因分析正挑戰「自我馴化」假說，顯示人類在犬科動物演化中扮演主導角色，其歷史可追溯至超過三萬六千年前，遠早於農業革命。古生物學挖掘出的三萬五千五百年前至一萬三千年前犬科動物化石，遍佈歐洲各地，這些古顎犬科動物，平均體重31.2公斤，口鼻部較短，顎骨較寬，犬齒較小，顯示出與狼的顯著體質差異，是馴化最早的跡象。古DNA分析亦支持此觀點，將馴化起源定於西南部和東亞，並暗示此過程可能在不同地點獨立發生。儘管有觀點認為獵人狩獵大型哺乳動物產生的殘骸吸引狼，但石器時代人們善於利用動物資源，且現代狩獵採集社會通常會將剩餘肉類高處存放以避開食腐動物，此說法受到質疑。
澳洲西部大學考古學家 Loukas Koungoulos 指出，狼的本能行為及傳統社會將犬科動物視為危險動物的態度，對自我馴化構成障礙。因此，許多研究者轉而支持人類主導假說，認為古石器時代人類收養狼幼崽並進行選擇性繁殖。堪薩斯大學演化生物學家 Raymond Pierotti 強調早期社會化的重要性，認為從小開始幾乎可將任何犬科動物培養成伴侶。比利時皇家自然科學研究所古動物學家 Mietje Germonpré 觀察到，古石器時代犬科動物常出現在人類聚落，且有證據顯示人犬間存在情感連結，如約旦 'Uyun al-Hammam 遺址中，一隻狐狸與兩人合葬的發現。Germonpré 認為收養野外幼崽是馴化的第一步，此做法在多個原住民文化中均有記載。狼在舊石器時代社會中也具有象徵和儀式價值，狼牙被用作飾品，穿孔頭骨暗示儀式，骨骼切割痕跡表明其作為食物和工具原料。在嚴酷氣候下，狼皮更是珍貴的生存資源。2021年一項研究透過分析古代犬科動物DNA，提出馴化可能僅發生於西伯利亞，約兩萬三千年前，隨後犬科動物隨人類遷徙擴散，這與11,000年前已存在不同犬科動物譜系的發現一致，並早於農業發展。古代DNA分析與考古資料結合，揭示了人類與犬科動物歷史的相互呼應，顯示人類對犬科動物演化產生了深遠影響。