胚胎性别决定是一个复杂的过程，涉及指导性别分化的遗传和分子事件。在包括人类在内的哺乳动物中，性别主要由性染色体决定：雌性继承两条X染色体（XX），而雄性继承一条X染色体和一条Y染色体（XY）。精子的染色体（X或Y）决定胚胎的染色体性别。
位于Y染色体上的SRY（性别决定区Y）基因在男性性别决定中起着至关重要的作用。它就像一个主开关，在胚胎发育早期启动一系列分子信号。该基因刺激形成分化成睾丸的前体细胞。如果没有SRY基因，胚胎将默认为女性发育，形成卵巢。
在妊娠早期，胚胎同时具有卵巢和睾丸的前体细胞。SRY基因的激活会触发基因表达和组织结构的变化，从而导致雄性胚胎中睾丸的形成。其他遗传和表观遗传因素也对此过程做出贡献，确保性腺和次级生殖器官的正常发育。
虽然哺乳动物依赖SRY基因进行性别决定，但其他生物表现出不同的机制。一些爬行动物使用环境温度，而鸟类和昆虫则采用不同的遗传系统，如ZW系统。
了解胚胎性别决定对于诊断和治疗性发育障碍、推进生殖生物学以及进行遗传学和表观遗传学研究具有重要意义。研究SRY基因和相关机制可以深入了解遗传学、环境和发育之间的相互作用。