哥伦比亚河正面临日益严峻的毒性藻类水华威胁，对人类和动物的健康构成严重风险。这些由蓝细菌（Cyanobacteria）快速生长引起的水华现象，已在多个娱乐场所被观察到，促使本特-富兰克林卫生区（Benton-Franklin Health District, BFHD）发布了健康警报。尽管近期在莱斯利格罗夫斯游泳海滩（Leslie Groves Swim Beach）和霍华德·阿蒙公园（Howard Amon Park）的检测显示，毒素水平低于娱乐阈值，但藻类垫的增多仍是重要的警示信号。卫生官员强调，此类水华的高峰期通常会持续到十月初，而高温和低河流水位等条件则为其滋生提供了有利环境。
有害藻类水华（Harmful Algal Blooms, HABs）的现象并非哥伦比亚河独有，而是全球日益增长的关注点，气候变化加剧了这一问题，导致气温升高、干旱和河流水位下降。哥伦比亚河上的大坝也起到了推波助澜的作用，它们减缓了水流并提高了水温，为蓝细菌的生长创造了理想条件。这些水华尤其危险，因为它们会产生强效毒素。在三城地区（Tri-Cities）附近的哥伦比亚河中已发现了神经毒素——鱼腥藻毒素-a（Anatoxin-a），该毒素能迅速引起严重症状，包括麻痹甚至死亡，因为它会影响神经系统。犬类由于体型较小且喜欢在水中玩耍时饮水，因此尤其容易受到影响。近年来，三城地区已有多起狗因这些毒素死亡的报告，部分事件最早发生在八月，一直持续到十月。
本特-富兰克林卫生区正积极监测局势，在哥伦比亚河沿岸的多个地点进行定期水样采集。他们建议公众保持警惕，避免接触看起来浑浊或变色的水体，并及时报告任何疑似的水华现象。该区“如有疑问，请勿下水”的口号，强调了安全的重要性。除了直接的健康风险外，这些水华还会影响更广泛的生态系统和经济。并非所有藻类水华都有毒，但仅凭外观无法判断其毒性，必须进行实验室检测。居民应通过当地卫生部门的更新保持信息畅通，并采取预防措施，例如清理宠物粪便和减少化肥使用，以帮助缓解为水华提供养分的营养污染。此类水华的高峰期通常从八月中旬持续到十月，其影响可能一直持续到十一月。
附着在河床但可能脱落并漂浮的底栖藻类垫（benthic algae mats）在哥伦比亚河中也被发现是一个令人担忧的问题。这些藻类垫颜色多样，从黄绿色到深褐色不等，也可能含有有害毒素。克拉克县公共卫生部门已就这些藻类垫发布了警报，强调在进行水上活动时保持警惕的必要性。包括美国环境保护署（U.S. Environmental Protection Agency）在内的科学界，正在积极研究哥伦比亚河等河流中这些毒性藻类的传播和影响，并开发更先进的采样方法来追踪这些难以捉摸的毒素。营养污染和气候驱动的天气模式等复杂环境因素的相互作用，使得准确预测这些水华的发生时间和地点变得困难，这凸显了持续监测和公众意识的重要性。