Bilim insanları, çeşitli çalışmalarda hücre tipi sınıflandırmasını ve karşılaştırmasını iyileştirmek için tasarlanmış açık kaynaklı bir hesaplama aracı olan CellWalker2'yi tanıttı. 22 Mayıs 2025'te Cell Genomics'te yayınlanan bu araç, daha kesin açıklamalar sunmak için hücre tipleri arasındaki hiyerarşik ilişkilerden yararlanır.
CellWalker2, tek hücreli ATAC-seq (Dizileme Kullanarak Transpozaz Erişilebilir Kromatin Tahlili) ile RNA dizileme verilerini entegre ederek yeteneklerini çoklu omik profillere genişletir. Bu entegrasyon, düzenleyici DNA elementlerinin aktif genlere bağlanmasını kolaylaştırarak hücresel işlevlere dair daha derin bilgiler sunar. Araç, belirli hücre tiplerinde aktif olan düzenleyici DNA bölgelerini haritalandırır ve gen ekspresyonu değişikliklerini düzenleyen transkripsiyon faktörlerini tanımlar.
Hücre tipleri ve onları yöneten genler arasındaki ilişkileri aydınlatarak CellWalker2, bilim insanlarının farklı deneyler arasında, hatta farklı laboratuvarlarda veya türler arasında yapılan deneylerde bile hücre tiplerini eşleştirmesini sağlar. CellWalker2, diğer araştırmacılar için çevrimiçi olarak serbestçe erişilebilirdir ve biyomedikal topluluğu içinde geniş bir benimsenmeyi ve işbirliğini teşvik eder.