Une étude sur les mutations du SARS-CoV-2 révèle des erreurs de traitement des données dans les bases de données génétiques

Une étude menée par l'Institut de biologie intégrative des systèmes (CSIC) et l'Université de Valence a révélé des erreurs de traitement des données dans la base de données GISAID, une ressource largement utilisée pour l'information génétique du SARS-CoV-2. La recherche, publiée dans *Virus Evolution*, a étudié la capacité du virus à muter et à infecter les humains, en se concentrant sur les événements de réparation par délétion dans la protéine spike, que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules. L'équipe a découvert que les premières conclusions suggérant des événements fréquents de réparation par délétion - où le virus semble corriger son génome - étaient en grande partie dues à des erreurs dans la façon dont les séquences virales étaient traitées. Ces erreurs ont créé la fausse impression que le virus réparait les mutations plus régulièrement qu'il ne le faisait en réalité. En comparant les informations de la base de données avec les données brutes de séquençage du génome, les chercheurs ont obtenu une compréhension plus précise des changements génétiques du virus. Mireia Coscollá Devís, chercheuse au CSIC et chef de l'étude, a noté que la fréquence de ces événements de réparation par délétion était considérablement surestimée en raison des incohérences dans le traitement des données entre les différents laboratoires. L'étude a confirmé que si certains événements de réparation sont authentiques, la majorité étaient des artefacts du traitement des séquences. Moins de 60 % des événements de réparation par délétion initialement signalés ont pu être validés, la fréquence corrigée étant estimée entre 5 et 51 fois inférieure à ce qui avait été initialement indiqué. Malgré leur rareté, ces événements de réparation peuvent subtilement influencer le comportement du virus, affectant potentiellement la façon dont il pénètre dans les cellules ou interagit avec les anticorps produits par la vaccination. L'étude souligne l'importance cruciale d'examiner attentivement les données génétiques afin d'éviter de tirer des conclusions inexactes sur l'évolution virale. Les scientifiques soulignent également la nécessité d'un système centralisé pour le partage des données génomiques des agents pathogènes en Espagne afin d'améliorer la surveillance et la réponse aux maladies infectieuses.