Vào tháng 6 năm 2025, quan hệ ngoại giao giữa Nga và Azerbaijan đã xấu đi một cách nghiêm trọng sau những vụ bắt giữ gây tranh cãi tại Yekaterinburg. Các dịch vụ đặc biệt của Nga đã bắt giữ khoảng 50 cá nhân có nguồn gốc Azerbaijan, nghi ngờ họ có liên quan đến các vụ giết người và tấn công từ năm 2001 đến 2011. Hai người đã thiệt mạng trong quá trình bắt giữ, gây ra sự phẫn nộ tại Baku.
Đáp lại, Azerbaijan đã hủy bỏ tất cả các sự kiện văn hóa dự kiến với Nga và tiến hành kiểm tra văn phòng của cơ quan truyền thông Nga Sputnik tại Baku. Điện Kremlin đã phản ứng một cách thận trọng, với phát ngôn viên của Tổng thống Dmitry Peskov bày tỏ sự tiếc nuối về quyết định của Baku, nhấn mạnh rằng tình hình ở Yekaterinburg không nên dẫn đến phản ứng như vậy. Bộ Ngoại giao Nga lưu ý rằng mặc dù các nạn nhân và người bị bắt giữ đều là người Azerbaijan, nhưng họ đều mang hộ chiếu Nga.
Cuộc khủng hoảng ngoại giao này là một thử thách khác cho quan hệ giữa hai quốc gia kể từ vụ tai nạn máy bay của Azerbaijan vào cuối năm 2024. Azerbaijan cũng đang tìm cách củng cố vị thế quốc tế của mình, bao gồm việc xin gia nhập BRICS. Azerbaijan đang cố gắng cân bằng hợp tác với phương Tây và duy trì mối quan hệ chiến lược với Moskva.