Badanie mutacji SARS-CoV-2 ujawnia błędy przetwarzania danych w bazach danych genetycznych

Badanie przeprowadzone przez Instytut Biologii Systemów Integracyjnych (CSIC) i Uniwersytet w Walencji ujawniło błędy w przetwarzaniu danych w bazie GISAID, powszechnie wykorzystywanym źródle informacji genetycznych SARS-CoV-2. Badanie, opublikowane w *Virus Evolution*, analizowało zdolność wirusa do mutacji i infekowania ludzi, koncentrując się na zdarzeniach naprawy delecji w białku kolczastym, którego wirus używa do wnikania do komórek. Zespół odkrył, że wstępne ustalenia sugerujące częste zdarzenia naprawy delecji – gdzie wirus wydaje się korygować swój genom – były w dużej mierze spowodowane błędami w sposobie przetwarzania sekwencji wirusowych. Błędy te stworzyły fałszywe wrażenie, że wirus naprawia mutacje częściej niż w rzeczywistości. Porównując informacje z bazy danych z surowymi danymi sekwencjonowania genomu, naukowcy uzyskali dokładniejsze zrozumienie zmian genetycznych wirusa. Mireia Coscollá Devís, badaczka z CSIC i kierownik badania, zauważyła, że częstotliwość tych zdarzeń naprawy delecji została znacznie przeszacowana z powodu niespójności w przetwarzaniu danych w różnych laboratoriach. Badanie potwierdziło, że chociaż niektóre zdarzenia naprawy są autentyczne, większość była artefaktami przetwarzania sekwencji. Mniej niż 60% początkowo zgłoszonych zdarzeń naprawy delecji można było zweryfikować, a skorygowana częstotliwość szacowana jest na 5 do 51 razy niższą niż pierwotnie wskazano. Pomimo ich rzadkości, te zdarzenia naprawy mogą subtelnie wpływać na zachowanie wirusa, potencjalnie wpływając na sposób, w jaki wnika on do komórek lub oddziałuje z przeciwciałami wytwarzanymi przez szczepienie. Badanie podkreśla krytyczne znaczenie starannego badania danych genetycznych, aby uniknąć wyciągania niedokładnych wniosków na temat ewolucji wirusa. Naukowcy podkreślają również potrzebę scentralizowanego systemu udostępniania danych genomowych patogenów w Hiszpanii w celu poprawy monitorowania i reagowania na choroby zakaźne.