SARS-CoV-2 Mutatiestudie onthult fouten in gegevensverwerking in genetische databases

Een studie van het Institute for Integrative Systems Biology (CSIC) en de Universiteit van Valencia heeft fouten in de gegevensverwerking onthuld in de GISAID-database, een veelgebruikte bron voor genetische informatie over SARS-CoV-2. Het onderzoek, gepubliceerd in *Virus Evolution*, onderzocht het vermogen van het virus om te muteren en mensen te infecteren, met de nadruk op deletieherstelgebeurtenissen in het spike-eiwit, dat het virus gebruikt om cellen binnen te dringen. Het team ontdekte dat de eerste bevindingen die wezen op frequente deletieherstelgebeurtenissen – waarbij het virus zijn genoom lijkt te corrigeren – grotendeels te wijten waren aan fouten in de manier waarop virale sequenties werden verwerkt. Deze fouten wekten de valse indruk dat het virus mutaties regelmatiger herstelde dan in werkelijkheid het geval was. Door de database-informatie te vergelijken met ruwe genoomsequentiegegevens, verkregen de onderzoekers een nauwkeuriger inzicht in de genetische veranderingen van het virus. Mireia Coscollá Devís, een CSIC-onderzoeker en de leider van de studie, merkte op dat de frequentie van deze deletieherstelgebeurtenissen aanzienlijk werd overschat als gevolg van inconsistenties in de gegevensverwerking tussen verschillende laboratoria. De studie bevestigde dat, hoewel sommige herstelgebeurtenissen echt zijn, de meeste artefacten waren van sequentieverwerking. Minder dan 60% van de aanvankelijk gerapporteerde deletieherstelgebeurtenissen kon worden gevalideerd, waarbij de gecorrigeerde frequentie naar schatting 5 tot 51 keer lager was dan oorspronkelijk aangegeven. Ondanks hun zeldzaamheid kunnen deze herstelgebeurtenissen het gedrag van het virus subtiel beïnvloeden, mogelijk van invloed op de manier waarop het cellen binnendringt of interageert met antilichamen die door vaccinatie worden geproduceerd. De studie onderstreept het cruciale belang van het zorgvuldig onderzoeken van genetische gegevens om te voorkomen dat er onnauwkeurige conclusies worden getrokken over de virale evolutie. De wetenschappers benadrukken ook de noodzaak van een gecentraliseerd systeem voor het delen van genoomgegevens van pathogenen in Spanje om de monitoring en reactie op infectieziekten te verbeteren.