Pada tanggal 22 Mei 2025, pemerintahan Trump meningkatkan konfliknya dengan Universitas Harvard dengan mencabut otorisasi untuk mendaftarkan mahasiswa internasional. Menteri Keamanan Dalam Negeri Kristi Noem mengumumkan keputusan tersebut, dengan alasan kekhawatiran atas dugaan hubungan Harvard dengan Partai Komunis Tiongkok, promosi kekerasan dan anti-Semitisme, dan ketidakpatuhan terhadap permintaan informasi mengenai mahasiswa asing.
Tindakan ini mencegah Harvard untuk mendaftarkan mahasiswa internasional baru untuk tahun akademik 2025-2026. Menteri Noem menyatakan bahwa ribuan mahasiswa dan cendekiawan internasional terpengaruh dan mungkin perlu pindah ke universitas lain untuk mempertahankan status visa mereka. Pada musim gugur 2024, mahasiswa internasional merupakan sekitar 27% dari total pendaftaran Harvard, dengan lebih dari 6.700 mahasiswa.
Seorang juru bicara Harvard menyebut tindakan itu melanggar hukum, menegaskan kembali komitmen universitas kepada mahasiswa dan cendekiawan internasionalnya. Universitas memberikan bimbingan dan dukungan kepada komunitasnya, sambil mengkritik keputusan tersebut sebagai ancaman bagi misi akademik dan penelitiannya. Ini menyusul permintaan Menteri Noem pada April 2025 agar Harvard menyerahkan catatan mengenai dugaan kegiatan ilegal oleh mahasiswa asing.